Limmers erste urkundliche Erwähnung steht möglicherweise in Zusammenhang mit einem Kriminalfall, denn in dem überlieferten Text von 1339 heißt es:
,,Ich, Knappe Dietrich Kaieberg, bekenne in diesem Brief, dass ich eine gerechte Sühne gemacht habe mit dem Rat und den Bürgern und der Stadt Alfeld wegen des Totschlags meines Bruders Hermann Kaieberge, der in Limmer erschlagen wurde." Es ist demnach natürlich anzunehmen, dass es unser Dorf schon vor diesem Jahr 1339 gab. Es bestand sicher damals und auch in den nächsten Jahrhunderten im wesentlichen aus dem Rittergut, dessen Gebäude noch heute an der Bahnlinie Hannover - Göttingen zu sehen sind.
Bis 1728 lebten und wirkten auf dem Rittergut die Herren von Stöckheim. In die Zeit des Achatz von Stöckheim fällt auch das Ereignis, bei dem Limmer vom Hauch der großen Politik gestreift wurde. 1625, im 30jährigen Krieg, treffen sich im Gutshaus zu Limmer die beiden kaiserlichen Feldherren Herzog Albrecht von Wallenstein und Johann Graf von Tilly. Sie legen bei diesem "Gipfeltreffen" die beiderseitigen Interessensphären in Norddeutschland fest.
In der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts sterben die v. Stöckheims aus, doch in der letzten Generation lassen sie 1712 die Kirche im Ort und 1723 ein neues Gutshaus anstelle des baufälligen alten errichten. Danach kommt das Rittergut in wechselnde Hände bis es 1851 die Grafen von Görtz-Wrisberg bis in unsere Zeit übernehmen.
Um 1900 zieht das Industriezeitalter in Limmer ein und das ländliche Dorf verändert sich. Auf halbem Weg zwischen Limmer und Dehnsen wird im Leinetal nach Kalisalz gebohrt und man wird fündig. In wenigen Jahren entsteht der imposante Gebäudekomplex des Kaliwerks "Desdemona", wo bis 1932 Kalisalze gefördert werden. Auch eine Bahnstation wird angelegt, sie gibt dem neuen Ortsteil den Namen Godenau. Die Auswirkungen der Industrieanlage für das Dorf sind fundamental: Die Einwohnerzahl verdoppelt sich durch den Zuzug von Arbeitskräften in wenigen Jahren, Straßen im Ort werden gepflastert, eine neue Schule wird gebaut, der Friedhof an der Kirche erweitert.. Im Glenetal in Richtung Brunkensen legt ,,Desdemona" eine Arbeiterkolonie mit 15 Doppelhäusern und einem Vierfamilienhaus an. Gegenüber den Werksanlagen auf der anderen Seite der Bahnlinie werden die beiden komfortablen Direktorenvillen erbaut.
Nach der Stilliegung aufgrund der Wirtschaftskrise und der Erfindung des Kunstdüngers wird das Kaliwerk ab 1934 zur Munitionsanstalt ausgebaut, wo Munition hergestellt und vor allem gelagert wird. Nach Kriegsende kommt es im Oktober 1947 zu einer gewaltigen Explosion unter Tage, die auch den 1938 verrichteten 24 m hohen Stahlbetonturm zerstört. 1964 wird dann auch der Bahnhof Godenau im Zuge von Rationalisierungsmaßnahmen geschlossen. 1974 wird das Dorf Limmer als Ortsteil in die Stadt Alfeld eingemeindet
Roland Kernchen ist Verfasser der 1989 anlässlich der 650-Jahrfeier Limmers erschienen Dorfchronik, in der Vergangenheit und Gegenwart von Limmer und Godenau ausführlich dargestellt sind.